市科技局设置6个内设机构：
（一）办公室
负责协调机关日常工作；负责有关重要文件起草、调研工作；负责会议组织、文电处理、秘书事务、文书档案管理和信访、提案、机要、保密等工作；负责政务工作的综合协调、督查、督办工作；负责科技宣传和科技信息工作；负责机关行政后勤管理和财务；负责编制和管理机关基建计划；监督直属单位的国有资产；负责机关的社会治安综合治理工作；指导、协调市直各部门和各县（市）的科技管理工作。
（二）人事教育科
负责机关和直属事业单位机构改革工作；按照干部管理权限，负责机关及直属事业单位的干部管理和有关人事及机构设置、人员编制工作；负责全市科技干部的培训教育工作；承办全市自然科研系列专业技术职务评审申报工作；负责离退休人员的管理、服务工作；负责机关岗位责任制的制定、督促、检查工作；负责承办养老保险、基本医疗保险等有关社会保障工作；负责全市科技交流出国组团和地筹资金出国留学人员选派的报批。
（三）发展计划与科技成果科
研究科技发展战略，组织编制全市中长期科技发展规划；组织编制全市各项科技发展计划、科技开发、成果推广计划指南；提出全市各项科技计划的协调、综合平衡经费配置的建议；负责全市新产品试制计划编制和实施；负责全市中小型企业创新资金项目的申报管理；参与对科研机构的组建和调整工作；负责全市民营科技企业的资格认定、审批和管理；组织对外科技的交流、合作项目；负责科技统计工作；研究提出科技成果的登记、评价、鉴定、奖励、技术市场、技术出口等工作。
（四）工业科技发展科
组织实施全市工业领域高新技术发展及产业化开发；规划并指导地级重点实验室的建设；负责组织工业领域攻关计划、火炬计划的申报、管理和实施；管理和指导高新技术开发区；负责组织高新技术企业的申报、管理工作；推动工业领域的科技体制改革工作和生产力促进中心等技术服务体系建设，促进高新技术产业化和示范推广。
（五）农村与社会发展科
组织实施科技促进农村与社会发展工作，负责农村和社会发展攻关计划、星火计划的编制、管理和实施；组织指导农村科技产业示范；指导涉及人口、资源、环境、医药卫生、科技扶贫、科技兴市（县）、可持续发展综合试验区等科技工作；推动相关领域的科技体制改革工作；组织实施、检查、督促科技兴区战略的落实，指导协调各县（市）科技兴市（县）工作；制定实施科技兴区依法行政责任制；承办地区科技兴区领导组交办的工作。
（六）政策法规科
研究拟定全市科技与经济结合的科技法规、政策，创造有利于科技成果转化的环境；组织研究科技体制改革的总体规划和政策措施，指导全市科研院所的科技体制改革；研究提出加强有关知识产权保护、科技咨询政策措施；研究科技人员管理的有关政策，推动科学技术普及工作；管理软科学研究；负责全市自然科学及青年科技的基础研究、应用基础研究、高新技术的基础研究及其它基础研究的管理工作。